Структуру органов местного самоуправления поселения составляют:
- Совет Чаинского сельского поселения - представительный орган поселения.
- Глава Чаинского сельского поселения - Глава муниципального образования.
- Администрация Чаинского сельского поселения - исполнительно-распорядительный орган поселения.
Полномочия контрольно-счетного органа поселения по осуществлению внешнего муниципального финансового контроля переданы контрольно счетному органу Чаинского муниципального района на основании соглашения, заключенного Советом Чаинского сельского поселения с Думой Чаинского района.
Совет поселения состоит из депутатов, избираемых на муниципальных выборах на основе всеобщего, равного и прямого избирательного права при тайном голосовании сроком на 5 лет.
Численность депутатов Совета Чаинского сельского поселения составляет 7 (семь) человек.
Совет поселения:
- председатель Совета поселения;
- секретарь Совета поселения;
- постоянные депутатские комиссии.